As árvores filogenéticas são diagramas que representam relações de ancestralidade e descendências, consistindo em linhas que se bifurcam de acordo com a existência no passado de um evento que transformou uma espécie em duas novas espécies.
A junção desta bifurcação chama-se nó, onde representa esse momento de diversificação e o ancestral em comum das espécies que se localizam na ponta de cada uma das bifurcações.
Nesse esquema de árvore filogenética, os pontos em vermelho significam os ancestrais em comum e as divisões destes em duas outras espécies. Exemplo: as espécies E e F possuem um ancestral em comum (ponto vermelho mais próximo, na figura), que em determinado momento da história se dividiu em duas outras espécies. D compartilha ancestral em comum com E e F, porém estes são mais próximos em termos de parentesco. 
O sistema de classificação de Lineu não considera essas relações, uma vez que acreditava que todas a espécies eram as mesmas desde a criação divina, classificando-as de acordo com algumas semelhanças, apenas.
Na filogenia, grupo de espécies com um ancestral em comum exclusivo e grupo que contém todos os descendentes de um ancestral comum, chama-se monofilético. Espécies que são descendentes de ancestrais distintos fazem parte de um grupo polifilético.
Nessa abordagem, os grupos são sempre monofiléticos e podemos considerar, em um sentido mais amplo, que todos os seres vivos formam um, visto que todos compartilham um único ancestral. Crocodilos compartilham ancestral comum com aves e lagartos.
Porém, tem em comum com as aves algo mais próximo do que com os lagartos (isso pode parecer chocante, mas alguns répteis primitivos possuíam penas!). Desta forma, a Classe Reptilia é parafilética e essa divisão pode ser chamada de artificial, uma vez que não considera a relação evolutiva entre os seres.
Fonte bibliográfica:
https://brasilescola.uol.com.br/biologia/filogenia-que-isto.htm
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